Comment installer R sur Ubuntu 22.04

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Une version précédente de ce didacticiel a été écrite par Lisa Tagliaferri.

Introduction

Langage de programmation open source, R est largement utilisé pour effectuer des analyses de données et des calculs statistiques. Soutenu par la R Foundation for Statistical Computing, c'est un langage de plus en plus populaire et extensible avec une communauté active. R propose de nombreux packages générés par les utilisateurs pour des domaines d'étude spécifiques, ce qui le rend applicable à de nombreux domaines.

Dans ce didacticiel, vous allez installer R et montrer comment ajouter des packages à partir du Comprehensive R Archive Network (CRAN) officiel.

Conditions préalables

Pour suivre ce tutoriel, vous aurez besoin d'un serveur Ubuntu 22.04 avec :

  • au moins 1 Go de RAM
  • un utilisateur non root avec les privilèges sudo

Pour savoir comment réaliser cette configuration, suivez notre guide de configuration initiale du serveur.

Une fois ces conditions préalables en place, vous êtes prêt à commencer.

Vous pouvez également tester l'installation et l'utilisation de R directement dans votre navigateur. Cliquez sur le bouton Launch an Interactive Terminal! ci-dessous pour commencer.

Lancez une borne interactive !

Étape 1 - Installation de R

Étant donné que R est un projet en évolution rapide, la dernière version stable n'est pas toujours disponible dans les référentiels d'Ubuntu. Vous commencerez donc par ajouter le référentiel externe géré par CRAN.

Remarque : CRAN gère les référentiels au sein de son réseau, mais tous les référentiels externes ne sont pas fiables. Assurez-vous d'installer uniquement à partir de sources fiables.


Pour commencer, vous devrez ajouter la clé GPG publique du projet R à votre serveur, puis configurer le référentiel de packages. Vous allez d'abord télécharger la clé avec la commande wget et la convertir dans un format que apt peut utiliser pour vérifier les packages téléchargés à l'aide de la commande gpg --dearmor.

Téléchargez la clé et installez-la :

wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo gpg --dearmor -o /usr/share/keyrings/r-project.gpg

Ensuite, ajoutez la liste des sources R au répertoire sources.list.d, où APT recherchera de nouvelles sources :

echo "deb [signed-by=/usr/share/keyrings/r-project.gpg] https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu jammy-cran40/" | sudo tee -a /etc/apt/sources.list.d/r-project.list

La partie [signed-by=/usr/share/keyrings/r-project.gpg] du fichier indique à apt d'utiliser la clé que vous avez téléchargée pour vérifier les informations de référentiel et de fichier pour les packages R.

Ensuite, mettez à jour vos listes de packages afin qu'APT lise la nouvelle source R :

sudo apt update

Parmi la sortie qui s'affiche, vous devez identifier des lignes similaires aux suivantes :

Output...
Get:7 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu jammy-cran40/ InRelease [3622 B]                  
Get:8 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu jammy-cran40/ Packages [15.6 kB]
...

Si les lignes ci-dessus apparaissent dans la sortie de la commande update, vous avez ajouté le référentiel avec succès. Maintenant, vous pouvez être sûr que nous n'installerons pas accidentellement une version plus ancienne.

À ce stade, vous êtes prêt à installer R avec la commande suivante.

sudo apt install --no-install-recommends r-base

Si vous êtes invité à confirmer l'installation, appuyez sur y pour continuer. Les arguments --no-install-recommends garantissent qu'aucun package supplémentaire n'est installé.

Au moment de la rédaction, la dernière version stable de R de CRAN est la 4.2.0, qui s'affiche lorsque vous démarrez R.

Étant donné que ce didacticiel explorera l'installation d'un exemple de package pour chaque utilisateur du système, démarrez R en tant que root afin que les bibliothèques soient automatiquement disponibles pour tous les utilisateurs. Alternativement, si vous exécutez la commande R sans sudo, une bibliothèque personnelle peut être configurée pour votre utilisateur.

sudo -i R
Output

R version 4.2.0 (2022-04-22) -- "Vigorous Calisthenics"
Copyright (C) 2022 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
. . .
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

> 

Cela confirme que vous avez correctement installé R et entré son shell interactif.

Étape 2 - Installation des packages R à partir du CRAN

Une partie de la force de R est son abondance de packages complémentaires disponibles. À des fins de démonstration, vous allez installer txtplot, une bibliothèque qui génère des graphiques ASCII comprenant un nuage de points, un tracé linéaire, un tracé de densité, un acf et des graphiques à barres :

install.packages('txtplot')

Remarque : La sortie suivante indique où le package sera installé.

Output...
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
. . .

Ce chemin d'accès à l'échelle du site est disponible car nous avons exécuté R en tant que root. Cet emplacement rendra le package disponible pour tous les utilisateurs.


Une fois l'installation terminée, chargez la bibliothèque txtplot :

library('txtplot')

S'il n'y a pas de message d'erreur, la bibliothèque a été chargée avec succès. Mettons-le en action maintenant avec un exemple qui illustre une fonction de traçage de base avec des étiquettes d'axe. Les données d'exemple, fournies par le package datasets de R, contiennent la vitesse des voitures et la distance nécessaire pour s'arrêter sur la base des données des années 1920 :

txtplot(cars[,1], cars[,2], xlab = 'speed', ylab = 'distance')
Output      +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
  120 +                                                   *    +
      |                                                        |
d 100 +                                                   *    +
i     |                                    *                *  |
s  80 +                          *         *                   +
t     |                                       * *    *    *    |
a  60 +                          *  *      *    *      *       +
n     |                        *         * *  * *              |
c  40 +                *       * *    *  *    * *              +
e     |         *      *  * *  * *  *                          |
   20 +           *    *  * *       *                          +
      |  *      *    *                                         |
    0 +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
           5          10           15          20          25   
                                speed       

Si vous souhaitez en savoir plus sur txtplot, utilisez help(txtplot) depuis l'interpréteur R.

Tout package précompilé peut être installé à partir du CRAN avec install.packages(). Pour en savoir plus sur ce qui est disponible, vous pouvez trouver une liste des packages officiels organisés par nom via la liste Packages CRAN disponibles par nom.

Pour quitter R, vous pouvez taper q(). Vous pouvez appuyer sur n lorsque vous y êtes invité, sauf si vous souhaitez enregistrer l'image de l'espace de travail.

Conclusion

Avec R installé avec succès sur votre serveur, vous pourriez être intéressé par ce guide sur l'installation du serveur RStudio pour apporter un IDE au déploiement basé sur serveur que vous venez de terminer. Vous pouvez également apprendre à configurer un serveur Shiny pour convertir votre code R en pages Web interactives.

Pour plus d'informations sur l'installation des packages R à l'aide de différents outils, vous pouvez lire comment installer directement à partir de GitHub, BitBucket ou d'autres emplacements. Cela vous permettra de profiter des tout derniers travaux de la communauté active.